Professor Layton and the Last Specter

За три года до событий первой игры профессор Лейтон получает письмо от своего старого школьного товарища Кларка Тритона. В нем говорится, что "таинственный великан, окутанный туманом, разрушает наши дома". Профессор отправляется в город Мистхэллери, чтобы провести расследование, и к нему присоединяется Эмми, его новая помощница. Что означают все эти разрушения, и связаны ли они с фольклорной легендой о "призраке"? Разворачивающаяся история рассказывает о том, как познакомились профессор Лейтон и его ученик Люк.

Professor Layton and the Last Specter следует структуре, которая стала основной для серии: игроку предлагается последовательность головоломок, разбросанных по игровому миру, которые нужно решить с помощью логики, используя сенсорный экран, а бонусные головоломки можно загружать еженедельно.

В японском и североамериканском изданиях игра также включает в себя Professor Layton's London Life - бонусную ролевую игру, в которой персонаж игрока живет в маленьком Лондоне вместе с профессором Лейтоном и несколькими персонажами из серии. Игроки могут настраивать своего персонажа с помощью специальной одежды и собирать предметы и мебель. Некоторые из них помогают персонажу попасть в определенные районы города или выполнить задания, помогающие горожанам.